Le séquençage de nouvelle génération (NGS) joue un rôle fondamental dans la médecine actuelle, notamment dans le domaine de l'oncologie. Grâce à cette technologie de séquençage génétique, un groupe de chercheurs de Centre de cancérologie ACCamargo découvert une structure du système immunitaire qui a un impact direct sur la réponse au traitement chez les patients atteints d'adénocarcinome canalaire pancréatique, l'une des tumeurs les plus agressives et mortelles existantes.
Des recherches ont montré que les patients capables de former naturellement ce que l’on appelle les « structures lymphoïdes tertiaires » résistent mieux à l’évolution naturelle de la maladie et sont plus susceptibles d’avoir une réponse favorable à l’immunothérapie – un type de traitement qui vise à lutter contre l’avancement du cancer. en activant le système immunitaire du patient.
L'étude a duré 4 ans et a analysé environ 250 patients. « Nous avons identifié qu’environ 20 % des patients sont capables de former cette structure naturellement. Et ce sont précisément ces personnes qui ont des réponses cliniques plus aiguës et survivent longtemps », explique le chercheur et responsable du groupe d'immuno-oncologie translationnelle de l'ACCamargo, Tiago Medina.
Le spécialiste a également souligné que, compte tenu de la composition immunitaire, le cancer du pancréas est une tumeur moins infiltrée. Cela signifie que si 20 % des patients étaient identifiés pour ce type de tumeur, pour d’autres types de tumeurs – qui ont une plus grande infiltration – on s’attend à des fractions plus importantes.
« En ce qui concerne les tumeurs solides, nous pouvons nous attendre à ce qu’environ 30 à 35 % des patients atteints de cancer dans le monde soient capables de former cette structure. Nous avons donc une fraction très considérable de la population qui peut en bénéficier », souligne Medina.
Concernant l'immunothérapie, avec cette nouvelle découverte, il est possible d'identifier les patients qui répondraient mieux au traitement. Permettre à l'indication de l'approche d'être plus affirmée, afin de réduire les coûts pour le système de santé et de préserver les patients, en leur évitant des procédures inutiles et des effets secondaires.
Séquençage de nouvelle génération (NGS)
Pour cette étude, deux technologies de séquençage ont été utilisées. IllumineARN-Seq en vrac et ARN-Seq unicellulaire.
Comme le rapporte le chercheur, la plupart des recherches ont été menées à l’aide de Single Cell RNA-Seq. Grâce à cette technologie, l’équipe a pu identifier les lymphocytes T et B associés à la formation de structures lymphoïdes tertiaires.
En effet, cela permet une évaluation individualisée des cellules. Ils ont identifié les cellules qui composent la structure, comment elles interagissent et produisent des molécules capables de détruire les cellules tumorales. « Petit à petit, nous avons reconstitué le puzzle et c’est comme ça que nous avons compris que ces cellules réagissaient intensément à la tumeur », explique Medina.
Cependant, Bulk RNA-Seq a également joué un rôle fondamental dans la recherche. Grâce à cet outil, les chercheurs ont pu travailler avec un plus grand nombre de patients et créer une signature moléculaire qui leur a permis d’identifier les patients qui ont survécu plus longtemps et ceux qui ont survécu moins.
Les outils permettent de générer des données différentes, mais combinés, ils se complètent.
« Ils fournissent une mine d’informations. Nous avons pu identifier de manière statique – en examinant un ensemble de cellules et de données d’expression de gènes et de protéines obtenues à partir d’un seul fragment de tissu tumoral – tous ces mouvements cellulaires et la génération de réponses anti-tumorales », conclut Tiago Medina.
