La récente épidémie du virus Oropouche, survenue en 2023, a attiré l'attention au Brésil et dans d'autres pays d'Amérique latine, non seulement en raison de son ampleur (plus de 30 000 cas enregistrés sur le territoire national), mais aussi en raison du premier décès confirmé dans le pays causé par la maladie et de sa propagation rapide à tous les États, sans plus se limiter à la région amazonienne. Face à ce scénario, au début de l'année, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a également exprimé son inquiétude et lancé un appel à accélérer le développement d'outils de prévention et de contrôle contre ce pathogène, jusqu'alors presque inconnu.
Deux études publiées dans les revues Nature Medicine et Nature Health ont prouvé que l'impact du virus Oropouche est bien plus important que celui décrit dans les données officielles. À l’aide de calculs mathématiques, de données historiques et d’analyses sanguines provenant de centres de transfusion sanguine, les chercheurs estiment que depuis 1960, le virus a infecté environ 9,4 millions de personnes en Amérique latine et dans les Caraïbes. Rien qu'au Brésil, il y aurait environ 5,5 millions de cas.
La maladie, qui provoque de la fièvre et des symptômes similaires à ceux de la dengue, peut évoluer vers des complications graves, notamment des problèmes neurologiques (méningite et méningo-encéphalite) et même une microcéphalie en cas de transmission mère-enfant.
« Nous sommes confrontés à une maladie d'une ampleur bien plus grande qu'on ne l'imaginait, qui nécessite plus d'attention. Nous estimons qu'un diagnostic de maladie sur mille évolue vers des complications graves, telles que des maladies neurologiques, des microcéphalies, des fausses couches et des complications hépatiques, ce qui élève le niveau de priorité pour la santé publique », déclare José Luiz Proença Módena, coordinateur du Laboratoire d'études sur les virus émergents (Leve) de l'Université d'État de Campinas (Unicamp) et co-auteur des études, qui ont soutien de la FAPESP.
Les travaux ont également été financés par le Conseil national pour le développement scientifique et technologique (CNPq), les National Institutes of Health (NIH), les États-Unis, l'institution philanthropique britannique Wellcome Trust et l'Institut Todos pela Saúde (ITpS).
Manaus, épicentre de la crise
À Manaus (AM), la plus grande métropole de la région amazonienne, on estime que 300 000 personnes ont été infectées entre 2023 et 2024, soit près de 260 fois plus que les cas confirmés. Selon les chercheurs, la prévalence des anticorps contre le virus est passée de 11,4 % en novembre 2023 à 25,7 % en novembre 2024, ce qui témoigne de la propagation généralisée de la maladie.
« La capitale d'Amazonas est une ville de plus de 2 millions d'habitants et considérée comme la porte d'entrée de la région amazonienne. La sous-déclaration impressionnante est due à plusieurs facteurs, principalement dus au fait que le virus circulait silencieusement avant d'atteindre les limites du centre urbain, avec de nombreux cas asymptomatiques ou légers, et sans diagnostic », explique William de Souza, professeur à l'Université du Kentucky, aux États-Unis, qui est également l'auteur de l'étude.
Cette dynamique contribue à expliquer la propagation du virus dans tous les États brésiliens et dans les pays voisins, en plus de renforcer le scénario qui a motivé l'OMS à émettre une alerte internationale.
Dans le cas des patients des régions reculées de l’Amazonie, les chercheurs mettent en avant la dynamique et la logistique de la région. « Les patients des régions reculées de l'Amazonie sont souvent confrontés à des temps de trajet de plus de 24 heures pour atteindre un établissement de santé. Cela signifie que de nombreux cas n'ont probablement pas été diagnostiqués, permettant au virus de circuler silencieusement jusqu'à ce qu'il atteigne la limite d'un grand centre urbain », explique Souza.
Les chercheurs ont détecté que le virus Oropouche est en circulation continue, bien que souvent à des niveaux si faibles qu'ils sont presque indétectables par les systèmes de surveillance courants. « Dans notre travail, nous avons identifié deux grandes vagues d'Oropouche dans la capitale amazonienne, une dans les années 1980 et une en 2023, qui ont chacune infecté plus de 12 % de sa population », explique Módena.
A partir de ce suivi, les chercheurs ont également identifié que les individus infectés dans les années 1980 étaient encore capables de neutraliser la souche virale récente. « Cela suggère une protection croisée durable, capable d'orienter les futures stratégies de vaccination », explique Souza.
Un virus de brousse
La réémergence du virus Oropouche en 2023 a confirmé son expansion à travers le pays. L'État d'Espírito Santo avait le taux cumulé le plus élevé, avec 318 cas pour 100 000 habitants. La région du Sud-Est concentre 57,9% des notifications, devenant ainsi le nouvel épicentre de la maladie.
Contrairement à d'autres arbovirus plus connus, il est transmis par le phlébotome, le porcin ou le maruim (Culicoides paraensis), ce qui signifie que l'incidence de la maladie en milieu rural est 11 fois plus élevée qu'en ville.
« Contrairement à Aedes aegypti (le moustique qui transmet la dengue, le zika et le chikungunya), qui se reproduit dans les eaux stagnantes, le maruim pond ses œufs dans un sol humide et riche en matière organique. C'est un moustique de brousse, originaire des zones humides. D'où la prédominance des cas dans les zones rurales et non urbaines », explique Souza.
« Historiquement, cette maladie était étroitement liée aux zones de plantations de bananes et de cacao, mais en étudiant l'écologie du virus, nous avons identifié que le problème n'est pas le fruit lui-même, mais la condition idéale de sols humides et riches en matière organique. Les températures élevées et la pluie sont également des conditions favorables à la propagation du maruim », explique le chercheur.
Les auteurs soulignent que la nature rurale de la maladie a un impact sur les stratégies de politiques publiques. « La lutte contre la maladie est très différente des autres arbovirus transmis par les moustiques, qui sont plus urbains. Les stratégies telles que la fumigation (fumigation) sur les places et les rues pavées sont probablement peu utiles contre Oropouche. Le maruim ne vit pas dans les égouts des maisons, mais dans l'humidité des zones forestières et dans la végétation périphérique des villes », explique Souza.
Une autre caractéristique importante du maruim est qu’il est trois fois plus petit qu’un moustique commun, une taille idéale pour traverser les moustiquaires. Mais la raison de cette réémergence agressive ne réside pas seulement dans le climat, mais aussi dans la nouvelle recombinaison virale (réassortiment).
Dans leurs travaux, les chercheurs ont également identifié l'émergence d'une nouvelle lignée virale, résultat d'un processus de réarrangement ou de réassortiment génétique qui se produit lorsque deux virus différents infectent la même cellule. Cela a augmenté la capacité de réplication et a rendu difficile la neutralisation des infections précédentes par les anticorps, rendant l’agent pathogène plus capable de s’étendre sur un nouveau territoire.
« La réapparition d'Oropouche nous montre que nous ne pouvons pas combattre tous les arbovirus avec la même recette, car le maruim ne suit pas les mêmes règles qu'Aedes. Cela rend insuffisante la surveillance actuelle contre le virus Oropouche et sous-estime considérablement l'ampleur réelle de la maladie », explique Módena.
Pour lui, la surveillance doit aller au-delà des grandes villes. « Même si une immunité à long terme semble exister pour ceux qui ont déjà été infectés, la rapidité avec laquelle le virus s'est propagé dans tous les États brésiliens montre que le système de santé a besoin de nouveaux systèmes de détection, axés même sur la surveillance loin des grands centres », affirme-t-il.
Les chercheurs soulignent la nécessité de changements structurels, tels que l’adoption d’études sérologiques continues, l’utilisation des banques de sang comme alerte précoce et l’intégration d’outils numériques et génomiques pour surveiller les épidémies et les mutations. Ils soulignent également l’importance de décentraliser les tests de laboratoire et de créer une surveillance active et permanente, capable de combiner les données environnementales, sérologiques et génomiques pour anticiper les risques et orienter les stratégies de vaccination. (Avec informations de l'agence Fiocruz)
