Des chercheurs de l'Institut Pasteur de São Paulo (IPSP) a développé un outil qui permet de suivre la transmission d'un maladie infectieuseaidant les décideurs à analyser les risques et à trouver les meilleures mesures pour atténuer les futures épidémies. Du croisement de données épidémiologiques sur un foyer de rougeole à Manaus, avec les coordonnées géographiques des personnes infectées (codes postaux résidentiels), le groupe a créé une carte thermique qui a permis de suivre l'évolution de la maladie dans la ville.
L'étude, publiée dans le Einstein Journal, a analysé les données géographiques des domiciles de plus de 7 000 personnes atteintes de rougeole à Manaus lors de l'épidémie de 2018 et 2019. Des analyses spatiales et temporelles ont été réalisées pour caractériser divers aspects de l'épidémie, notamment l'apparition et la prévalence des symptômes. , les données démographiques et le statut vaccinal.
« Nous avons eu accès aux microdonnées de l'épidémie de rougeole à Manaus, en 2018, et nous avons pu connaître la localisation des personnes infectées (le code postal). Nous avons effectué l'analyse traditionnelle et identifié des informations importantes comme le taux de contagion et les zones les plus touchées, par exemple. Mais nous voulions aller au-delà et réaliser une analyse plus large, qui permettrait de créer un outil permettant de visualiser et de comprendre facilement le problème », explique Helder Nakaya, chercheur principal à l'IPSP qui a coordonné l'étude.
Nakaya explique que l'outil est utile aux gestionnaires publics, car il permet d'estimer rapidement l'impact des mesures de contrôle – comme l'isolement et la vaccination – sur la transmission de la maladie. « Le modèle a été créé sur la base des données sur la rougeole, car il s’agit d’une maladie à transmission rapide. Mais il est possible, grâce à ce modèle, de créer des outils de cartographie d'autres maladies, ce qui peut être très utile pour les services de santé », dit-il.
Le chercheur souligne qu’en plus de faciliter la visualisation de la transmission des maladies, l’outil permet de concentrer les données épidémiologiques et sanitaires, généralement dispersées dans différentes bases de données. « Cela aide beaucoup pour le suivi. Le gestionnaire public connaît souvent les données sur le taux de transmission d’une certaine maladie. Mais qu’est-ce que cela signifie ? Généralement, ce ne sont que des tableaux avec plusieurs nombres qui ne lui disent pas forcément grand chose. C'est pourquoi il est important de rassembler une série de données et d'autres informations afin que le gestionnaire public puisse comprendre rapidement la situation », dit-il.
Dans le cadre des travaux menés à partir des données de Manaus, les chercheurs ont également pu mesurer l'impact de la vaccination sur de nouvelles épidémies de rougeole, puisqu'environ 95 % des cas de rougeole signalés se sont produits chez des personnes non vaccinées.
« Un message important de notre travail est l’importance de la vaccination. L’analyse a renforcé le fait que les vaccins constituent le meilleur moyen de lutter contre les épidémies. À Manaus, la couverture vaccinale contre la rougeole était faible depuis dix ans. Comme l'outil permet de visualiser où les cas surviennent et d'effectuer une analyse de groupes de cas, il est possible d'orienter à la fois les efforts de vaccination et les soins de santé vers les quartiers les plus touchés – des mesures importantes pour lutter contre la maladie », explique Nakaya.
La solution, créée par les scientifiques de l'IPSP, comprenait également un partenariat avec l'hôpital Albert Einstein, l'Université d'État d'Amazonas, la Fondation de médecine tropicale Dr. Heitor Vieira Dourado, l'Université de São Paulo, l'Institut de technologie de Géorgie et la Fondation pour la surveillance de Saúde do Amazonas et l'Instituto Todos. par Saúde (ITpS).
L’outil ouvert de suivi des cas de rougeole est disponible en ligne ici. A partir de cette étude, les chercheurs ont mis à disposition un autre outil adaptable à toute épidémie ou flambée, disponible ici.
